De naam van het eiland Flores is niet door de Portugezen bedacht. De naam bestond al in het Maleis, Tandjoeng Boenga: Kaap der Bloemen. De Portugezen hebben dit letterlijk vertaald naar Cabo das Flores. Deze naam werd oorspronkelijk alleen gebruikt voor het noordoostelijke gedeelte van het eiland. Later werd de naam, door de Nederlandse gouverneur-generaal Hendrik Brouwer, aan het hele eiland overgedragen.
De Portugezen en Spanjaarden waren de eerste Europeanen die zich halverwege de zestiende eeuw vestigden op het eiland. Daarvoor waren het de Makassaren en Buginezen van Zuid-Sulawesi die het grootste gedeelte van de kust van Flores in handen hadden. Het was een belangrijke handelsnetwerk.
De oorspronkelijke bewoners waren naar het binnenland en de bergen vertrokken uit angst voor de Makassaren en Buginezen.
Missie
In de 15de en 16de eeuw was het grootste deel van westelijk en centraal Flores in handen van het koninkrijk Gowa van Zuid-Sulawesi. Het oosten behoorde tot de Molukken. De Portugezen waren actief in de winstgevende sandalhouthandel met Timor. Aangezien Flores op de route lag vestigden ze forten op Solor en Ende. In 1561 situeerden Dominicaanse priesters een missiepost op Solor.
Van hier uit breidden de Portugese Dominicanen hun missie uit naar het oosten van Flores. In 1575 waren er al twintig missieposten. De Dominicanen hadden te kampen met aanvallen van piraten, lokale islamitische vorsten en troepen van Gowa. Toch wisten ze veel mensen te bekeren.
In de 16e eeuw breidde ook de islam haar invloed over het eiland uit. De Portugezen konden het eilandje Poelau Endeh niet in handen houden. In 1605 werden zij door een, onder islamitische leiding staande, inheemse legermacht van die plek verdreven.
De Portugese invloed in de Timor archipel nam af. Ook in Solor hadden missionarissen moeite om de inheemse christenen te beschermen tegen de islamitische invloeden
Uiteindelijk veroverde de moslims het fort bij Ende. Alle missieposten in Zuid-Flores waren door hen verlaten. De groei van het christendom zou echter doorzetten.
V.O.C
In 1613 werden de Portugezen uit Flores en de omliggende gebieden verjaagd door de V.O.C. Zo konden de Hollanders de handel in sappanhout en kaneel monopoliseren. De inheemse missionarissen moesten de verdediging van de missiepost zelf organiseren, omdat de Portugese gouverneur geen belangstelling voor het eiland had. Zo slaagden de Nederlanders er in de macht uit de handen van de Portugezen te nemen.
De Hollanders sloten een verdrag waarin het Hollandse oppergezag werd erkend. De V.O.C zond een commandeur naar Solor om de controle uit te voeren. Gouverneur-generaal Speelman sloot tot twee keer toe een verdrag met de vorst van Makassar. De V.O.C verkreeg monopolie in de specerijhandel.
In de 17de eeuw deden Gowa en Ternate afstand van hun rechten op Flores en de omliggende gebieden. Rond 1850 werden ook de laatste Portugese nederzettingen door de Nederlanders overgekocht. Het zou echter tot 1907 duren voordat de Nederlanders Flores min of meer onder controle hadden.
De Nederlandse jezuïeten namen het missiewerk over en vestigden posten in Maumere en Sikka. In de jaren twintig van de vorige eeuw trokken de missionarissen ook door de nauwelijks begaanbare en geïsoleerde bergen in het westen. Het Portugese en Nederlandse missiewerk heeft zijn vruchten afgeworpen; in bijna elk dorp staat tegenwoordig een christelijke kerk.
Archeologisch onderzoek
Het eerste archeologische onderzoek werd vlak voor de Tweede Wereldoorlog door de Nederlandse Dr. Willems uitgevoerd. Hij kon zijn werkzaamheden en opgravingen echter niet voortzetten toen de oorlog uitbrak. Na de oorlog werd het werk van Willems overgenomen door missionaris Verhoeven.
Hij vond in de jaren vijftig en zestig resten van pre-historische mini-olifanten, Stegodonten. De vondst van stenen werktuigen van 800.000 jaar oud vormen de basis voor het nog steeds lopende onderzoek. Zo werd in 2003 het Floresmens ontdekt.
Er werden acht skeletten gevonden in de kalksteen grot Liang Bu, waarvan maar één met schedel. Door het kleine, wat vreemde gestalte van de skeletten wordt het Floresmens ook wel 'de hobbit' genoemd. Hij werd namelijk niet langer dan een meter.
Er wordt nog steeds onderzocht of het een apart soort mensen betreft, of om een genetische afwijking. Wel is vastgesteld dat de skeletten meer dan 13.000 jaar oud zijn. Het is nog niet duidelijk wanneer de Floresmens is uitgestorven.